Also ist die Laufrichtung eine Andere! Wenn du schon beide Zylinder miteinander vergleichst, musst du die Laufrichtung auch auf den jeweiligen Zylinder beziehen ... und da ist die eben gegenläufig. 
Wenn die Laufrichtung auf den Zylinder bezogen gegenläufig ist, so muss es auch die Ausrichtung der Nocken dementsprechend sein.
Betrachtest du die Laufrichtung auf den Motor ... wäre sie gleich. Aber diese Denkweise hilft dir nicht weiter, wenn die Ausrichtung der Zylinder nicht gleich ist. 
Ich widerspreche dem Meister
nur ungerne, aber die Zylinder spielen bei meiner Betrachtung gar keine Rolle und das ist auch gar nicht notwendig. Die Kette und die Nockenwellen haben den gleichen Drehsinn, unabhängig von der Anordnung der Ventile und deren Funktion am Zylinder. Vergleicht man jetzt beide Auslassnockenwellen oder beide Einlassnockenwellen, so stehen deren Nocken in die gleiche Richtung.
Ich habe kein Problem damit, wenn du das so betrachten möchtest. 
Nur wirst du damit nicht die Antwort auf deine Frage finden.
Du willst wissen warum die Nocken vorn und hinten anders stehen. Dann betrachte die Einlassseite beider Zylinder. Die eine Nocke dreht zur Auslassseite hin ... die Nocke des anderen Zylinders dreht entgegengesetzt ... also weg von der Auslassseite. Genau deswegen haben die Nocken eine andere Stellung.
Aber um das zu verstehen entferne beide Ventildeckel und drehe die Kubelwelle entgegen dem Uhrzeigersinn (Motordrehrichtung). Das ist dann selbsterklärend ...
Ja, ich möchte das so betrachten, da auch jeder der dran schraubt die Zylinder nur von der rechten Motorradseite betrachten wird, alleine schon wegen den Markierungen auf den Nockenwellenrädern.
Die Antwort auf die Frage können beide unserer Aussagen beantworten. Ich bin eben nur der Meinung, dass meine einfacher zu verstehen ist, weil sie näher an der Praxis liegt.