Ich hatte bzw. habe (seit abgerauchter Batterie mit gekillter CDI) das gleiche Problem: Exakt ein Zündfunke, an einer umgebauten Domi.
Viel gemessen, bis jetzt kein Fehler auffindbar.
Provisorische Abhilfe: CDI direkt an die Batterie --> /startet/zündet/läuft einwandfrei
Jetzt ist natürlich die ganze Kette mit Seitenständerschalter, Killswitch etc. außer Funktion, und der Motor lässt sich auch nicht mehr abstellen 
Daher gibt's am Rahmen neben der Batterie einen formschönen Schalter, der auch verhindert, dass der CDI-Ruhestrom langsam die Batterie leersaugt.
Natürlich wenig TÜV-konform, daher kommt dieses (Zweit-) Mopped im Herbst mal in die Werkstatt; die dürfen dann den Fehler in der Startkette suchen.
bis denn
Martin