Verhält sich bei meiner (690 Duke 4) genauso, nervt mich auch. Du kannst die Bremsscheibe mal mit Bremsenreiniger gründlich sauber machen. Wenn Du Glück hast, ist es nur eine verunreinigte Stelle, die das Stottern bewirkt. Wahrscheinlicher ist aber, dass die Scheibe leicht verzogen ist. Habe ich schon öfter gehört bei dem Modell, die Bremsscheibe scheint anfällig für Verzug zu sein.
Ob Du die Scheibe (+Beläge natürlich) deshalb austauschst (bzw. austauschen läßt) liegt in Deinem Ermessen. Wenn's arg ist, kann es natürlich auch Probleme beim TÜV geben. So dramatisch hört es sich in deiner Beschreibung aber nicht an.
VG
Rainer