Die KTMs haben zwar (meines Wissens) alle eine mechanische Wasserpumpe, aber die Kickstartermethode könnte dennoch ins Auge gehen.
Das Problem liegt nämlich im geschlossenen Thermostaten: Bei kaltem Motor kreist die Kühlflüssigkeit nur innerhalb des Motors, das frisch in den Kühler gefüllte Frostschutzmittel kommt erst dann in größeren Mengen in den Motorkreislauf, wenn sich der Thermostat öffnet. Du müsstest also zumindest den Thermostaten ausbauen, um mit dieser Methode überhaupt eine Chance auf Erfolg zu haben. Dann allerdings sollte es gehen, denn der Motorkreislauf enthält nur wenig Wasser, das die Pumpe auch zügig umwälzt.
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Hast du die Kühlflüssigkeit so gewechselt wie im Handbuch steht? Normalerweise sollten so nichts einfrieren. Die einzigste Kühlflüssigkeit die nicht abläuft ist im Schlauch von Thermostart bis Kühler. Aber selbst die wird sich mit der neuen nach kompletten wieder befüllen vermischen. Dadurch das du Die 3 Entlüftungs bzw Ablassschrauben entfernt hast läuft dein kompletter Zylinder und die Kühler leer.
Wenn du dir nicht sicher bist und sie nicht an bekommst dann dreh halt die Zündkerze raus leg nen hohen Gang ein und lass dich nen bissel im Kreis schieben 
Ergänzt mich wenn ich mich irre.