Hallo,
welche Baujahre hast du kombiniert ?
Was ist die EVI Lampe ?
Gibt die nen Code aus ?
Gruss
Norbert
Würde mal auf die Lambdasonde tippen. Die Kabel sind ab 09 anders. Der Fehler würde also nur bei einer 08er RC8 als Basis auftreten.
Ich gehe mal davon aus, dass es sich hierbei um einen 09er/10er RC8R-Motor handelt. Wenn du eine 08er RC8 hast, ist die Verkabelung der Wassertemperaturen beider Zylinder anders!. Ab einer 09er müsste das aber technisch passen.
Identifiziere mal diese Fehlermeldung (z.B. per TuneECU).
Was dann ebenso auftreten wird, ist das Problem mit der Wegfahrsperre. Der Immobilizer, welcher bei der RC8 unter dem Zündschloss sitzt, muss erst "Bekanntschaft" mit der ECU machen und anders herum ... also alle Schlüssel bzw. Schlosssatz muss neu angelernt werden! 
Wenn dein Moppi läuft, scheinst du das aber bereits getan zu haben.
Für den RC8R-Motor hättest du aber die neue ECU nicht benötigt. Das umstellen der alten ECU auf RC8R-Map wäre ebenso gegangen.
Lese dazu mal meine Info hier im TuneECU-Thread ... der zentral im SuperDuke-Bereich geführt wird >>> TuneECU 
Grüße
Stefan
Beim 2008er Modell gehen die Kabel schwarz/gelb vom Sensor B15 (Kühlwasser-Temperatur Zyl. 1) und rot/lila vom Sensor B16 (Kühlwasser-Temperatur Zyl. 2) beide ins Display (PIN 6 und 7). Die Temperaturinfos erhält die ECU per CAN-Bus.
Ab 2009 geht das rot/lila Kabel des Sensor B16 (Kühlwasser-Temperatur Zyl. 2) nicht mehr zum Display (dieser PIN ist ab 2009 nicht mehr belegt), sondern direkt zur ECU (PIN 9 am kleineren 26poligen Stecker). Damit erhält die ECU die Sensordaten von Zyl. 1 über CAN-Bus und von Zyl. 2 direkt.
Du müsstest also dieses Kabel umverlegen bzw. verlängern. Du bräuchtest dann aber einen passenden PIN/ Steckkontakt für den 26poligen ECU-Stecker, da die Position bei der RC8 2008 nicht belegt ist.
Der einfachere Weg ist die alte ECU zu verwenden ... schon weil die abgespeicherte VIN dort mit deinem Rahmen übereinstimmt. Die lässt sich nachträglich nicht so einfach umändern.
Grüße
Stefan