Ich lade auch mit Ctek, aber nicht über die Bordsteckdose sondern über den direkt an die Batterie angeschlossenen Ctek Verbindungsstecker.
Die Batterie ist dabei immer angeschlossen und die 
Zündung natürlich aus.
Keinerlei Probleme.
Während dem Laden die Zündung einfach nie einschalten. Hab die Batterie in der @ 990 meiner Holden an der 12-Volt Dose und meine SMT auch immer über Stecker direkt im Motorrad geladen und nie Probleme gehabt.
Wenn die 12V Dose am ACC für Dauerplus hängt, geht das problemlos - aber dann sicherheitshalber ein Stück Tape über das Zündschloss machen 
Nnachdem ich mir aber über die Steckdose meine Batterie unbeabsichtigt leergesaugt habe, hängt diese jetzt wieder am Zündungsplus 
Die Sitzbank ist ja fix runtergenommen...
Hatte folgendes Problem nach dem Aufladen einer neuen Batterie an der 12V Dose:
Batterie war nach ca. 1 Woche wieder leer. Also Batterie (ist eine LiFePo) nochmals ohne Kontakt zum Mopped aufgeladen. Anschließende Messung ergaben einen Ruhestrom bei ausgeschalteter Zündung an dem kleinen von den drei Kabeln, die an der Batterie angeschlossen sind (Hilfsrelais?). Bevor ich jedoch einzelne Sicherungen zur weiteren Eingrenzung des Problems ziehen konnte, war der Ruhestrom plötzlich weg und die Batterie hält nun seit 2 Tagen den Strom.
Jetzt frage ich mich, ob es an der 12 V Stecker-Ladeaktion gelegen hat oder ein generelles Problem bei der Elektrik besteht, was allenfalls auch die Ursache dafür war, dass die alten Batterie überhaupt ihren Geist aufgegeben hat.
Nur, wenn das Symptom nicht messbar ist... 
Ist jedenfalls nicht gerade vertrauenserweckend für die nächste Tour, wenn man bei 35° in voller Montur in der Garage steht und nix geht mehr.