Flammen aus dem Auspuff kommen von unverbranntem Benzin, entweder durch Zündaussetzer oder durch Zündunterbrecher (wie Schaltautomaten) oder durch eine nicht vollständige Verbrennung bzw. von zuviel eingespriztem Kraftstoff (was bei div. Rennmotoren durchaus gewollt ist).......(für einen Katalysator ist sowas der allg. Supergau.......)
...und genau deswegen könnte er entfernt worden sein! 
Nein mal ehrlich. Ich bin natürlich kein Zweiradmechatroniker, aber durch das Entfernen von KAT, Verändern von Abgasanlagen etc. stimmt natürlich die Motorabstimmung nicht mehr. Aus Erfahrung kann ich sagen dass das Entfernen des KAT's sehr wohl zu Flammenbildung führt. Zwar nicht gleich in diesem Ausmaß, aber wer weis das schon bei einem so großvolumigen Motor?! 
Durch das Anbringen eines auf den Motor abgestimmten Endschalldämpfer wie der Akra macht das natürlich nichts, deswegen tippe ich auf VSD.
Du sagtest Anfangs zuerst ist sie abgestorben, dann war das weg aber dann kam das Flammenwerfen? Nun, meine Theorie 
Vergleichsweise wie beim Auto... Gehen wir mal davon aus es wurde etwas am VSD verändert. Motorabstimmung passt nicht, Abgasrückstau verändert etc. Benzin/Luftgemisch passt nicht, es wird zu wenig Sprit eingespritzt, Motor stirbt im Stand ab. Eventuell läuft der Motor in einer Art "Notlaufprogramm" und legt zuviel Holz drauf. Immerhin besser wie zu wenig. 
Hast du schonmal darauf geachtet, ob dein Benzinverbrauch gestiegen ist? 
...nix für ungut
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