Wie Du schon geschrieben hast würde auch ein Schwamm das ganze beeinflussen.
Das hängt mit dem Schwingverhalten der Airbox zusammen. Jede Änderung an Form, Volumen, oder Oberflächenbeschaffenheit der Airbox hat Einfluss auf das Schwingverhalten der Luft in der Airbox.
Da die Luft in der Airbox auch bei fast geschlossener Drosselklappe nicht gleichmäßig strömt sondern schwingt, haben solche Änderungen auch bei geringer Last Auswirkung. Wenn auch weniger.
Weil Das Volumen zwischen Drosselklappe und Einlassventil bei der 390er sehr klein ist (wenig dämpfendes Volumen) fiinden die Druckwellen der Schwingenden Gassäule im Saugrohr ihren Weg auch ausgeprägter (als bei Mehrzylindern mit einer einzelnen Drosselklappe) in die Airbox und Regen dort die Luft zum Schwingen an.
Wenn eine solche Druckwelle dann von der Wandung der Airbox zurück zur Drosselklappe läuft (kein starker Druckunterschied) und der Motor dann ansaugt, während beim vorherigen Ansaugtakt grad keine Druckwelle vor die Klappe lief (weil die Frequenz nicht genau zur Drehzahl passt), hat man leichte Unterschiede in der Gemischbildung zwischen den einzelnen Ansaugtakten.
Weil solche "kleinen" Einzylinder mit wenig Schwungmasse und hoher Literleistung eher anfällig für KFR bei geringen Drehzahlen sind, kann eine Änderung am Schwingverhalten der Airbox den kleinen aber entscheidenden Vor- oder Nachteil bedeuten. Ein Schwamm in der Airbox kann an der richtigen Stelle theoretisch das gleiche bewirken.